Subaru 1000 은 후지 중공업이 1966년 일본 정부가 시작한 소형차 분류정책 이후 처음으로 전륜 구동식으로 제작한 차였습니다. 그 이전 모델인 Subaru 360, Sambar 등은 모두 후륜 구동 경차였습니다. 그리고 Subaru 최초의 수평대항엔진인 박서(Boxer)엔진을 장착한 차였습니다.

1960년 Subaru 경영진은 4기통 공랭식 1500cc 수평대항 엔진을 탑재한 소형차를 코드 네임 “A-5”로 하여 원형인 Subaru 1500을 계승하기로 결정하였습니다. A-5는 두 개의Y자형 전륜 Wish-Bone 서스펜션을 장착하였습니다. 하지만 후지 중공업의 사정으로 이 차는 생산되지 못하였습니다. Subaru 360의 판매가 순조롭게 진행되고 있었지만 Subaru는 4사람이 불편 없이 탈 수 있는, 토요다의 Corolla와 닛산의 Sunny와 경쟁할 수 있는 차의 생산을 원하고 있었습니다. 또한 엔진을 교체하여 소음을 줄이고 전륜 구동형으로 후륜에 동력을 전달하는 중앙 동축을 없애 실내 공간효율을 향상시키며 4개의 바퀴에 독립현가장치의 장착을 계획하였습니다.

1963년, Subaru는 새로운 프로젝트 "A-4”를 통해 923cc 엔진, 전륜 구동, 전장 3,885mm, 휠 베이스 2,400mm, 전륜 폭 1,230mm, 후륜 폭 1,220mm, 중량 500kg의 새로운 자동차를 설계하였습니다. 이 자동차가 바로 Subaru 1000이었습니다. 실내공간 효율을 향상시키고 진동 및 소음을 줄이기 위해 원래 A-5 프로젝트에서 계획했던 공랭식 엔진 대신 수냉식 엔진을 개발하였습니다.

Subaru 1000은 1965년 10월 21일 도쿄의 힐튼 호텔(現 호텔 도큐 캐피톨)에서 공식 데뷔하였습니다. 그리고 10월 29일 개최된 12회 도쿄 모터쇼에도 전시되었습니다. 판매는 1966년 5월 14일부터 개시되었습니다. 2 도어 세단 모델은 1967년 2월 15일, 4 도어 밴은 1967년 9월 14일 판매 개시 되었습니다.

이 자동차는 특이하게 수냉식 수평대항 4기통 엔진을 장착하였고, 오버헤드 밸브는 푸시로드(Pushrod)에 의해 작동되었습니다. Subaru 엔진니어들은 포르쉐, 볼크스바겐, 쉐보레 Corvair 등의 자동차를 분석하였고 수평대항 엔진이 전륜구동에 더 좋을 것이라는 판단을 내렸습니다. 메커니즘을 완성하는데 걸림돌이 유니버설 조인트에서의 진동이었는데 베어링 제조업체인 토요 베어링과의 공조로 “Double Offset Joint”라는 혁신적인 발명을 하였습니다. 현재의 엔진은 사이즈도 커졌고 최신 오버헤드 캠 드라이브 밸브를 장착하였지만 Subaru는 여전히 수평대항 4기통엔진 자동차를 생산하고 있습니다.

초기의 전륜 구동 차가 일반적으로 그러하듯이, Subaru 1000는 현가 중량을 감소시키고 전륜 독립현가를 용이하게 하기 위해 Inboard 드럼 브레이크를 장착하였습니다. 또 다른 특징은 Heater Core를 없애고 난방장치가 라디에이터로부터 직접 열을 받는 것이었으며, 코일 스프링과 더불어 토션 바를 사용한 하이브리드 현가장치였습니다. Subaru 1000은 1970년대 초반에 미국에서 Subaru FF-1으로 알려진 1100으로 대체 되었습니다. 1969년 3월까지 Subaru 1000은 4,000대 이상 생산되어 도요타의 Corolla와 닛산의 Sunny와 경합을 벌였습니다.