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대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사(麻谷寺)의 말사이다.
651년(의자왕 11)에 열반종(涅槃宗)의 개산조 보덕(普德)이 창건하였다.

신라 말에 도선(道詵)이 이곳을 지나다가 법당만 남아 있던 절을 중창하였고,
1298년(충렬왕 24)에는 무기(無寄)가 중건하였다.
조선 후기에 무학(無學)이 중창하면서 영원전(靈源殿)을 지었고,
1866년(고종 3)에 관찰사 심상훈(沈相薰)이 중수하면서 신원사라 하였으며,
1876년에 보연(普延)이 중건하여 오늘에 이르고 있다.